大亞灣核電運營管理有限責任公司高度重視環境保護，堅持“遵守法規、安全運行、污染預防、持續改進”的環保方針。

1998年8月，公司環境管理體系正式建立并投入試運行，1999年4月通過評審并獲得ISO14001環境管理體系認證證書。這是我國核工業系統和電力系統第一家通過ISO14001認證的企業。

科學的環境管理體系和良好有效的環保措施使大亞灣核電基地獲得了多項環保榮譽：1997年榮獲“全國環境保護先進企業”稱號、“全國環境監測網絡先進監測站”稱號；1998年被命名為“深圳市環境教育基地“；1999年被命名為”廣東省環境教育基地“；2000年至2007年連續八年被評為“廣東省環保宣傳活動先進單位”；2007年獲得“綠色企業管理獎”；2008年獲得“環保公益宣傳獎”。

2010年8月24日至27日，大亞灣核電運營管理有限責任公司通過興原認證中心有限公司專家組對公司環境管理體系的復評審核，獲得了再注冊資格。本次證書的有效期從2010年11月2日至2013年11月1日。

全國環境保護先進企業

綠色企業管理獎

廣東省環境教育基地

深圳市環境教育基地

環境管理體系認證證書

大亞灣核電基地六臺百萬千瓦級核電機組每年平均發電量超過450億度，與同等規模的燃煤機組相比，少消耗標煤約1361.7萬噸，減少向環境排放：CO₂ 3771萬噸，相當于種植了10萬公頃的森林。

據大亞灣核電基地半徑10公里范圍內10個環境監測站點長期跟蹤監測的數據顯示，大亞灣核電基地環境放射性水平與本底數據相比較，沒有發生變化，區域內陸地、海洋生物種群數量沒有發生變化。